テーブルに値を入れなおしたいとき、テーブルごとごそっと消しても、auto_incrementは消す前の続きから始まる。

これを、リセットしたい。

ALTER TABLE [table_name] AUTO_INCREMENT=0;

だそうです。
『ﾂꀀ[MySQL] AUTO_INCREMENT のカウンターを リセットする』(@技術メモ様）より