トップページの記事数と、カテゴリーアーカイブの記事数は、管理画面の設定数です。
カテゴリーアーカイブには全記事を載せたいというときに、下記ページの記事を参考にしました。

MT4.1のカテゴリーアーカイブで全てのブログ記事を表示する（@種まきびとブログ）

アーカイブテンプレートの「記事リスト」の中の
<MTEntries limit=”auto”>ﾂꀀ

を

<MTEntries limit=”200″>などと大きな数字を入れます。